O Ministério Público de Contas do Estado do Espírito Santo é regido pelos princípios institucionais da unidade, indivisibilidade e independência funcional. Pelo princípio da unidade, os procuradores integram uma única instituição e a atuação de qualquer deles vale como manifestação de todo o Ministério Público. Concomitantemente, o princípio da indivisibilidade assegura que os procuradores não fiquem vinculados aos processos nos quais atuam, podendo ser substituídos por outros.  Ter independência funcional significa que cada membro do Ministério Público de Contas, no exercício de suas funções, atua de modo independente, com autonomia de convicção, sem nenhum vínculo de subordinação hierárquica em relação à chefia da própria instituição ou de outra.

Compete ao Ministério Público de Contas do Estado do Espírito Santo atuar na qualidade de custos legis, ou seja, como fiscal da lei no âmbito do Tribunal de Contas do Estado do Espírito Santo, tutelando a supremacia e indisponibilidade do interesse público por meio da fiscalização contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial da Administração Pública, desempenhando ações de proteção ao erário.